Als ich das mal vor Jahren gemacht hab - allerdings in die Gegenrichtung - legte das Boot an und unsere Pässe wurden gesammelt an den Beamten gegeben. Als der alle Stempel gestempelt hatte, gings weiter.
Es würde mich wundern, wenn das Visum nicht an der Grenze zu haben ist - aber ich kann dir das nicht sicher sagen - und wenns ein aktueller Reiseführer so sagt... Falls hier keine Antworten diesbezüglich mehr kommen, ist es sicher besser, nochmal im Reisebüro in Saigon nachzufragen.